Suntory a été fondé par Shinjirō Torii. Après un apprentissage auprès d'un pharmacien où il se familiarise avec les alcools étrangers, il ouvre une cave à vin en 1899, Torii Shoten. Il connaît un premier succès comme marchand de vin grâce à son produit phare, Akadama Port Wine, lancé en 1907. 

Le groupe prend le nom de Suntory en 1963. Dans les années 1970, sous la direction du fils de Shinjirō Torii, Keizo Saiji, deux nouvelles distilleries sont construites : la distillerie de grain Chita en 1972 et Hakushu en 1973, l'année du cinquantième anniversaire de Yamazaki. 1984 voit la sortie du premier single malt japonais largement commercialisé : Yamazaki 12 ans. En 1989, c'est un autre whisky emblématique qui est lancé : le blend Hibiki. 

Avec l'acquisition de Morrison Bowmore en 1994 et celle de Beam en 2014, Suntory (désormais Beam Suntory) devient un des plus grands groupes de whisky au monde avec ses distilleries japonaises, américaines mais aussi écossaises comme Glen Garioch, Laphroaig et Bowmore.